预付款已经开了发票要分具体情况做账：

　　1、支付预付款时：

　　借：预付账款

　　贷：银行存款

　　2、收到对方所开的发票时：

　　借：材料采购(原材料等)

　　借：应交税费-应交增值税-进项税

　　贷：预付账款

　　3、同时补付尚欠对方的货款：

　　借：预付账款

　　贷：银行存款

　　4、参考资料《企业会计准则-具体准则》及《企业会计准则-应用指南》的相关规定。